研究人员开发出动态监测病原体新变种的工具
来源:新华网
英国剑桥大学领衔的研究团队日前宣布,他们开发出一种名为phylowave的分析工具,能追踪细菌、病毒等病原体“家谱”中种群组成的动态变化,自动识别危险性较高的新变种,有助于公共卫生机构及时作出响应。
根据某种病原体不同变种的亲缘关系,可以绘制出它的系统发生树。它如同病原体的“家谱”,记录了不同基因型之间的进化关系。剑桥大学等机构参与的研究团队日前在英国《自然》杂志上发表论文说,他们开发的新工具能通过来自受感染人群的病原体样本,追踪病原体系统发生树的动态变化,根据“基因距离指数(表示基因序列差异)”来量化各变种适应环境的能力,辅以多种分析方法,自动识别适应性和传播力较强的新变种。
该工具的有效性在对多种病原体的分析中得到验证。在对甲型H3N2流感病毒、百日咳杆菌和结核分枝杆菌等病原体的分析中,新工具不仅识别出已知的各主要变种,还发现了一些此前未知的、适应性较强的变种。
细菌和病毒的进化速度非常快,随时可能出现传播力更强、更擅长逃避免疫系统攻击或能对抗疫苗和药物作用的新变种。及时识别这些变种并弄清其适应性优势何在,是应对传染病挑战的关键环节。
传统的基因分析方法在鉴定新变种的效率和精度上都有不足之处。此外,根据基因测序结果确认新变种往往需要专家团队讨论,具有一定的主观性。新工具在效率和客观性上更具优势,对病原体样本的要求也更低,即使样本数量不大、抽样存在一定偏差,也能有效分析。
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